Per sei stagioni la Virtus si mantiene nel campionato professionale nazionale arrivando a qualificarsi nel campionato ‘99/2000 ai play-off per la serie A1, con giocatori di grande livello tecnico, alcuni provenienti dagli NBA come Garris. Nonostante le note d’eccellenza, le prestazioni della società iniziano ad essere sempre meno brillanti e nel 2004 la Virtus deve rinunciare alla serie A2. Gli anni 2000 hanno messo a dura prova il basket maschile ragusano che, seppur dovendo rinunciare al lustro nazionale, ha continuato ad esprimere i colori della propria maglia con i settori giovanili.